因为边缘性人格障碍，在医院住院3天，后面学校不让回去，说要复学证明才能返校

学校拒绝接受有三级甲等医院复学证明的学生，可能涉及到学生的受教育权问题。根据《中华人民共和国教育法》，学生享有平等的受教育机会和权利。学校应当依据法律法规，为学生提供良好的教育环境。
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学生可以直接向学校提出要求，出示三级甲等医院的复学证明，并强调自己的受教育权。如学校仍拒绝，可向上级教育部门反映情况。在不同情况下，学生还可以考虑与学校协商制定个性化的复学计划，或寻求法律途径。选择处理方式时，应综合考虑个人情况和法律规定，以维护自身权益为首要目标。
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学生可以先尝试与学校沟通，了解拒绝的具体原因，并解释自己的情况。如果沟通无果，可以寻求教育主管部门的帮助，或者考虑通过法律途径维护自己的权益。同时，也可以考虑寻求专业的法律援助或心理咨询。